制药工程是一级学科化学工程（530）下设置制药工程（530.64）二级学科（学科分类与代码GB/T 13745-2009/XG2-2016），为化学、生物学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，以培养从事药品研发制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才为目标。紧密围绕以全面提升人才培养质量和科技创新能力为根本目标，以服务区域经济社会发展为已任，加强科学研究与人才培养，初步形成了一定的办学特色与优势。本专业为校级品牌专业建设点，拥有“淮安市特色资源药用开发与利用重点实验室”、“江苏省特色资源开发与药用研究重点实验室”等省市级科研平台，为适应江苏特色药用植物、药用水（海）产、苏北盐化工及凹土等特色资源产业开发需求,进行特色资源开发与药用研究，围绕区域特色生物新医药产业等新兴战略产业，凝练学科研究方向，汇聚创新资源，已形成了区域特色中药资源开发及药效物质生物转化、凹土基药用功能材料、岩盐资源药用开发及药物中间体制备、药用壳聚糖及复合材料等四个研究方向。近年来，本专业及相关专业获得1项国家科技发明二等奖等多项省部级以上奖励，获批多项国家自然科学基金，科研经费到款达2000万以上。